Prace konserwatorskie dotyczyły wystroju ścian i sklepienia trójprzęsłowej kaplicy Św. Anny. Przylega ona od strony północnej do nawy gotyckiej fary. Źródła historyczne odnotowują jej istnienie już w 1402 r. Jak wykazały badania stratygraficzne niewiele śladów po niej się zachowało. Staraniem Wojciecha Portiusa została gruntownie przebudowana w latach 1637 – 41. Wykonano wówczas nowe sklepienie i ozdobiono je sztukaterią, której stylistyka, podobna jak w nawie, wiązana jest z tzw. renesansem lubelskim. W 2 poł. XVIII uległo ono zniszczeniu na skutek pożaru, i w jego miejsce, na nieco niższej wysokości, założono obecnie istniejące sklepienie kolebkowo-krzyżowe na gurtach wspartych na filarach przysciennych. W czasie przebudowy kaplicy nastąpiło prawdopodobnie jej poszerzenie poza wcześniejszy obrys murów. Tylko ściana zachodnia została zachowana, o czym świadczą partie odsłoniętego ceglanego wątku, a także kamienna oprawa okna. Po tej przebudowie wnętrze ozdobiono dekoracją, na którą ok. 1830 r. F. K. Marynowski wykonał nowy wystrój malarski. Ostatnią konserwację przeprowadzono w latach 60. XX w. Wówczas usunięto secesyjną dekorację autorstwa F. Daniszewskiego z 1899 r., i wykonano aranżację na bazie reliktów wcześniejszego wystroju, wykonując przy tym sporo rekonstrukcji. Zastanawiano się wówczas - jak relacjonuje to obecny wykonawca prac A. Guzik - nad rekonstrukcją sztukatorskiej dekoracji, co nawiązywałoby do wystroju nawy głównej.
Obecna konserwacja miała na celu usunięcie skutków opanowanych już przyczyn zawilgocenia murów, przebadanie nawarstwień dekoracji i wyeksponowanie w miarę możliwości jej autentycznych partii. W efekcie zdecydowano się również na aranżację, ale pokazującą więcej oryginału i korygującą ogólna tonację tła dekoracji. Wymieniono zdegradowane tynki i wtórne łaty. Położono nowe, w miejscach ubytków, i ujednolicono je fakturalnie. Relikty gotyckiego wątku, oraz tajemniczy otwór wejściowy ujawniony na poziomie chóru muzycznego, udokumentowano i zasłonięto, gdyż kluczowym celem było utrzymanie jedności stylowej całego wnętrza o charakterze późnobarokowym z eklektycznym dopełnieniem jego walorów estetycznych. W kaplicy funkcjonują, znacznie późniejsze niż ona, okna zaopatrzone w witraże oprawione w stalową ramę. Mają już wartość historyczną i wiązać je należy z działaniami konserwatorskimi prowadzonymi w poprzednim wieku. Nie spełniały obecnie obowiązujących wymogów izolacyjności termicznej. Z tego względu zostały zaopatrzone w dublujące je przeszklenie, przy czym oryginalna ślusarkę i witraże oraz kamienne oprawy zachowano i poddano konserwacji.
